一、杀菌工艺不同
巴氏杀菌乳一般只杀灭乳中致病菌，而残留一定量的乳酸菌、酵母菌和霉菌灭菌乳是杀死乳中一切微生物包括病原体、非病原体、芽孢等。
但灭菌乳不是无菌乳，只是产品达到了商业无菌状态，即不含危害公共健康的致病菌和毒素不含任何在产品贮存运输及销售期间能繁殖的微生物在产品有效期内保持质量稳定和良好的商业价值，不变质。
二、保存时间不同
由于巴氏杀菌乳残留一定量的乳酸菌、酵母菌和霉菌，因此其运输、贮存和销售温度均有低温要求而灭菌乳对运输、贮存和销售过程则没有低温要求，保质期也相对较长。
三、外观风味的不同
二者的最大差异其实在于外观和风味，巴氏杀菌奶基本上保持了杀菌前的乳白和奶味，而UHT则会使奶色相对变暗，而超高温产生的一定的“焦糊味”也会掩盖奶本来的风味。
